導演：兒玉兼嗣 

主演：高山南 山崎和佳奈 神谷明 山口勝平 林原惠美 巖居由希子 高木涉 大谷育江 堀之紀 立木文彥 茶風林 緒方賢一 井上和彥 松井菜櫻子 藤田淑子 渡部猛 久川綾 橋本晃一 小杉十郎太 中島聰彥 玉川紗己子 千葉一伸 宇垣秀成 菅原淳一 一條和矢 小西克幸 井上隆之 百百麻子 赤木美繪 永井一郎 

柯南、灰原及少年偵探隊成員步美、光彥、元太隨博士這日露營完畢，繞道參觀西多摩市新建於富士山前的日本第一雙塔摩天大樓，毛利小五郎恰也應雙塔所有者、他的學妹常盤美緒之邀，攜小蘭、園子參加開幕典禮。美緒介紹下，他們認識以畫富士山聞名的畫師如月峰水、市議員大木巖松、雙塔的設計者風間英彥（森谷帝二的弟子，第一彈《引爆摩天樓》中，森谷曾向新一挑戰）、天才程序員原。期間灰原的舉動異常。　　大木提前入住B塔被害，目暮警官著手調查發現他與美緒似有不同尋常關係，不久原亦被殺害於家中。因為現場都留有與日本畫畫師作畫時所用的乳缽相似的小酒杯碎片，兩起案件似系一人所為。柯南由小酒杯聯想到灰原曾效力的、以酒名為綽號的黑暗組織，並注意到第二起案件中碎片上未沾染血跡。與此同時他找到灰原舉動異常的原因，卻發現她正被人追蹤。而園子玩笑弄的髮式令她像極了雪莉（灰原）。　　開幕酒會上，美緒向賓客展示如月最為寶貴的富士山畫作時被殺，死相正如橫亙在富士山正中的雙塔的縮影圖，她的身下也有一個小酒杯，不過卻是完好的。地上一顆原本該呆在美緒脖子上的珍珠令柯南將目光轉向如月。緊接，A樓美緒公司電腦檔案所在的樓層及地下配電室發生爆炸。逃亡時刻，柯南注意到正有一支槍瞄準園子，心中給出了所有疑問的答案，但他及小蘭等人最迫切需要解決的卻是如何從火海逃脫。